Evaluer les plans d'action engagés pour traiter la pollution historique due au chlordécone et autres organochlorés dont l'usage est interdit depuis plusieurs années, telle était la mission essentielle de la mission d'enquête. Mais d'autres produits phytosanitaires, utilisés aujourd'hui, contaminent les milieux aquatiques. Aussi, sans en faire l'axe majeur de ses investigations, la mission a également examiné les actions conduites dans ce domaine.