La Directive-Cadre Européenne sur l’Eau (DCE) établit un cadre pour la protection de l’ensemble des eaux européennes. Son principal objectif est l’atteinte du bon état écologique de toutes les masses d’eau d’ici 2015. Dans ce cadre, un protocole d’étude de la qualité écologique des biocénoses benthiques doit être mis en place. En Martinique, il s’agit d’adapter le protocole à un environnement tropical et de focaliser sur l’étude des récifs coralliens et des herbiers. Seule l’étude des récifs coralliens a pu être mise en œuvre et une méthode d’échantillonnage adéquate a été mise au point. L’échantillonnage du benthos récifal s’effectue sur 6 transects aléatoires positionnés sur une zone récifale homogène. La méthode point intercept a été retenue : les organismes situés tous les 20cm sous le transect sont identifiés. Une attention particulière est portée à la couverture du récif en macroalgues, certaines espèces pouvant être indicateur d’état de santé. Pour évaluer le taux de recouvrement en macroalgues, l’utilisation de quadrats de 25x25cm a été retenue. Le quadrat est positionné tous les mètres le long du transect et l’observateur estime visuellement la couverture algale du quadrat. Ce protocole est utilisé sur les sites de référence sélectionnés autour de l’île selon les critères de la Directive Cadre sur l’Eau. Son application est rapide, simple d’utilisation et accessible aux personnes non scientifiques. Enfin, la qualité écologique des récifs peut être déduite de la composition des communautés benthiques et des données d’abondance par groupe ou espèce.